El objetivo de PRODES es trabajar con autoridades, funcionarios, organizaciones de la sociedad civil y asociaciones de municipalidades, reforzando sus habilidades existentes o dotándolos de ellas, para un mejor cumplimiento de sus funciones. Asimismo, PRODES quiere generar un mercado de servicios disponible para los gobiernos regionales y locales y las organizaciones de la sociedad civil. Para ello ha implementado como metodología de trabajo la capacitación y la asistencia técnica para lo cual se han elaborado una serie de materiales sobre temas clave de la gestión local relacionados con dicho proceso, particularmente para la elaboración de sus Planes de Desarrollo Concertados y la formulación y ejecución de sus presupuestos participativos.